农药残留检测仪在一定条件下，磷和氨基甲酸酯类农药对胆碱酯酶正常功能有抑制作用，其抑制率与农药的浓度呈正相关系。通常在正常情况下，酶催化神经传导代谢产物(乙酰胆碱)水解，其水解产物显色剂反应，产生黄色物质，用农药残留检测仪器测定吸光度随时间的变化值，计算出抑制率，通过抑制率可以判断出样品中是否含有磷或氨基甲酸酯类农药的存在。
酶抑制率法（分光光度法）
基本原理：胆碱酯酶可使乙酰胆碱水解生成胆碱和乙酸，水解产物与显色指示剂作用使溶液显色。磷及氨基甲酸酯类农药可以抑制胆碱酯酶活性。如果胆碱酯酶活性被完全抑制则不能使乙酰胆碱水解，不能与显色剂作用，溶液为无色；如果活性部分被抑制，乙酰胆碱部分，溶液颜色比空白溶液浅。用分光光度计在一定波长下测定其吸光度的变化算出酶抑制率，从而推算出农药残留含量。抑制率用式（1）表示：
I =（A0-At）/A0×100％ （1）
式中： I —— 抑制率；
A0 —— 正常值（空白值）吸光度；
At —— 样品溶液吸光度。
以农药残留快速测试仪检测时其抑制率一般可自动计算。若样品抑制率≥50%，表示样品农残超标，为阳性结果。阳性结果的样品需做2次以上重复检测，多次检测仍呈阳性需做进一步确认。